A lovak genetikájának egyetlen, kisebb területét vizsgálták meg tüzetesebben: a szőrzet színének öröklődését. A dolog már önmagában is érdekes, gazdaságilag pedig óriási jelentőségű a színöröklés mechanizmusának a megértése, hiszen a lovak szerelmesei nagy pénzeket hajlandóak kifizetni az általuk kedvelt színért, amilyen például a palomino. És az is megér egy kis elemzést, hogy a naiv szelekció (a hasonlók vagy a legjobbak pároztatása) az esetek nagy részében nem hozza meg a kívánt eredményt - még akkor sem, ha a kiválasztott tulajdonságok biztosan genetikailag gyönyörűek -, s hogy tehát a gyakorlatban mért van szükség egy kissé tudományosabb megközelítésre.
A genetika alapvetően két módon hiúsíthatja meg a fajtaazonosságra irányuló tenyésztői igyekezeteket. Az egyik a heterozigozitás eredményeképpen létrejövő, kívánatos tulajdonságok fent említett problémája. A másik az abból a tényből fakadó rendkívül bonyolult alaphelyzet, hogy a tulajdonságok többségét NEM egyetlen gén határozza meg, hanem sokszorosan összetett gének komplex kölcsönhatása. A lovak genetikájában mindkét szituációval találkozhatunk.
Még a ló szőrzetének alapszínét sem egyetlen gén határozza meg, hanem sokféle gén egymásra halmozódó hatása. Először is egy (jelöljük így) W gén dönti azt el, hogy egyáltalán lesz-e bármilyen színe annak a szőrtakarónak. A domináns W gén egységes fehér szőrzetet eredményez, a recesszív w gén pedig lehetővé teszi más színek megjelenését is. Így aztán csak azok a lovak lehetnek színesek, amelyeknél ez a gén homozigóta recesszív - más szóval két w gént (ww) hordoznak. A Ww lovak - vagyis amelyek a domináns gének egyikét hordozzák - fehérek.
Ennek a génnek az a sajátossága, hogy a két domináns gént öröklő - WW- lovaknak van egy végzetes tulajdonságuk: a vemhesség elején elvetélnek.
A végzetes tulajdonság miatt a természetes kiválogatás során nagy erők hatottak e domináns gén eltűnésének irányába. És ez a gén tényleg el is tűnt volna, ha a tenyésztők nem törekedtek volna igazi fehér szőrű lovak előállítására. (A domináns-fehér színezet többféle módon is különbözik a lovaknál megjelenő "egyéb" fehérektől: a bőr rózsaszínű nem pedig színes. A szürkék az életkor előrehaladtával fakulnak, bár színesként születnek.)
A helyzet tehát az, hogy ha a tenyésztők szándékosan ilyen szőrszínt akarnak kikeverni, akkor kénytelenek heterozigótát heterozigótával pároztatni. A Ww-Ww párosításnak pedig négy lehetséges kombinációja van, amik egyforma valószínűséggel jelenhetnek meg: WW, Ww, wW és ww. A WW azonban még a születése előtt elpusztul. Így az élve maradt 3 csikóból kettőnek domináns fehér génje és fehér szőrzete, a harmadik ww csikónak pedig színes szőrzete lesz.
A színes lovakat két nagy csoportba lehet sorolni, mégpedig az E jellegű gén viselkedése alapján. A domináns E sötétpej vagy fekete színt eredményez (a genetikusok összevonják: "feketék"); a homozigóta recesszív ee pedig sárgát (a genetikusok szerint vöröset). Z utolsó fontos gén az A, amely domináns formájában a pej színezet (barna test, fekete farokkal, sörénnyel és lábakkal) kódját hordozza, recesszív aa formájában pedig a fekete színezetét (fekete test, fekete farokkal, sörénnyel és lábakkal). Az A génnek nincs hatása a sárgákra.
Mindebből pedig elég nyilvánvaló, hogy a sárga-sárga párosításból (mert mindkét szülő homozigóta recesszív) csak sárga csikó születhet. A fekete-fekete párosításból csak fekete utódok lesznek a fekete/pej csikók között, de itt egynegyed arányban sárga csikóik is születhetnek, abban az E mindkét szülőnél heterozigóta.
Mindezekben az esetekben a szelekció állandóan növeli a típushű egyedek megjelenési esélyeit. Nem így áll azonban a helyzet a palomino és a fakó színt hordozó géneknél. Ezek a színek a C lokuszon működő színoldó gének eredményei. A domináns C gén következtében a teljes szőrzetszín megjelenik. De ez az egyik olyan szituáció is , amelyben a dominancia nem teljes, és köztes effektusok is előfordulnak. A domináns CC gén tekintetében homozigóta lovaknak szabályos a szőrszínük. Az egy recesszív génnel (ccr) rendelkező lovak színe részben elmosódott. A Cccr genotípust hordozó pejek fakók lesznek; míg a sárgák pedig palominok. Ha a génpár mindkét tagja recesszív génnel rendelkezik, akkor a színoldás még nagyobb. Az ilyen genotípusos pej perlinó lesz, a sárga pedig cremello. Mindkettő nagyon világos színű és kékszemű. A palominok és a fakók nem produkálnak fajtaazonos színű utódokat - ők ugyanis heterozigóták. Ha egy palominot palominoval, vagy fakót fakóval keresztezünk, akkor a 4 megszületett csikóból nagy átlagban egy teljes színű lesz, kettő palomino vagy pejfakó, egy pedig cremello vagy perlinó.
És végül újabb komplikációk származhatnak, egy sor domináns gén működéséből: a domináns D gén fakó színt eredményez (egérfakót a feketéknél, valódi fakót a pejeknél, és izabellát a sárgáknál). A domináns R gén a felelős a deres színért, a színes és fehér szőrszálak keveredéséért.
A foltokat, a pettyeket, a mosott sörényt és farkat, valamint a fej és a láb jegyeit sok más kiegészítő gén idézi elő.